Jason Bourne lấy bối cảnh khoảng một thập kỷ sau những sự kiện trong The Bourne Ultimatum (2007).
Lúc này, Bourne (Matt Damon) đang phải sống ẩn dật ở khắp nơi. Một mặt, anh muốn tránh khỏi sự chú ý từ nhà chức trách. Mặt khác, chàng điệp viên mất trí nhớ muốn trốn tránh quá khứ đau khổ vẫn không ngừng dằn vặt anh.

Cho đến một ngày, người bạn thân tại CIA năm xưa là Nicky (Julia Stiles) không quản nguy hiểm mang đến cho Bourne thông tin động trời về cha anh. Người hùng mau chóng bị cuốn vào cuộc chiến mới trong thời đại Internet lên ngôi.