Phim Ký Sự Của Đứa Trẻ Lạc vào đầu những năm 1990, một số cuộc thí nghiệm về năng lực siêu nhiên đã được tiến hành bí mật tại Nhật Bản. Có hai phương pháp khác nhau được sử dụng trong các cuộc thí nghiệm này: một là tác động trực tiếp vào những cặp cha mẹ được chọn, đứa trẻ sinh ra sẽ bị kích thích, đột biến và phát triển khả năng đặc biệt. Hai là ghép gen của động vật, côn trùng vào người đứa bé khi được sinh ra để nó có năng lực giống như động vật. Subaru, Saya và những người khác được sinh ra từ thí nghiệm đó.

Subaru (Okada Masaki) có sức mạnh không tưởng và thị giác siêu nhiên. Saya có khả năng nghe siêu phàm. Họ làm việc cho Koichiro Watase, thứ trưởng bộ ngoại giao, một chính trị gia có tham vọng to lớn. Koichiro ra lệnh cho họ phải tìm ra cô con gái của một chính trị gia quyền lực hiện đang chạy trốn vì cô ấy giữ một tập tin quan trọng. Subaru, Saya và những người khác gia nhập vào hội đao phủ “Ageha” do Manabu (Sometani Shota) cầm đầu.