Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time Tại Paris, một nhóm từ tổ chức Wille, do Maya Ibuki lãnh đạo , làm việc trên một hệ thống được thiết kế để khôi phục thành phố về trạng thái trước đây của nó. Khi bị lực lượng Nerv tấn công, họ được bảo vệ bởi hạm đội Wunder và Mari Illustrious Makinami trong Unit-08 . Mari đánh bại những kẻ tấn công, và đội Wille khôi phục Paris.

Asuka Shikinami Langley , Rei Ayanami và Shinji Ikari , vẫn còn thất vọng, đang đi bộ qua vùng ngoại ô của Tokyo-3. Họ đến một khu định cư của những người sống sót, và chạm trán với Toji Suzuhara , Hikari Horaki và Kensuke Aida , giờ đã trưởng thành. Toji là bác sĩ và có con với Hikari, trong khi Kensuke là kỹ thuật viên, và tất cả đều thân thiện với Shinji. Asuka bày tỏ sự thất vọng với Shinji, ép ăn anh ta. Khi Shinji dần hồi phục, Rei khám phá ngôi làng và lập nghiệp, làm nông dân. Shinji gặp Ryoji Kaji, con trai của Misato Katsuragi và Ryoji Kaji quá cố, người đã chết vì ngăn cản Tác động thứ ba. Rei yêu cầu tiếp xúc liên tục với LCL và không thể duy trì bản thân, phân hủy khi có sự hiện diện của Shinji.