Các năng lực gia của Thành Phố Học Viện được chia thành 6 cấp độ. Các "Cấp Độ 0" rất thiếu năng lực thì "Cấp Độ 5" lại sở hữu lượng năng lực khổng lồ. Trong số hàng triệu năng lực gia ở Thành Phố Học Viện thì chỉ có 7 người đạt đến Cấp Độ 5, và người mạnh nhất trong số họ chính là Accelerator.

Câu chuyện nói về Cấp Độ 5 mạnh nhất sau khi gần như hi sinh toàn bộ sức mạnh để cứu lấy cô bé Last Order. Khi dần hồi phục tại bệnh viện, Accelerator có cuộc sống khá yên bình cho đến khi cậu cứu Estelle Rosenthal, cô gái bí ẩn mang theo tấm ảnh của Last Order. Thật không may, Accelerator giờ đây rơi vào vòng xoáy giữa tổ chức tàn ác Disciplinary Action âm mưu sử dụng Last Order cho những phi vụ nguy hiểm. Kế hoạch và động cơ đã được thiết lập để truy bắt cô bé, đã đến lúc năng lực gia mạnh nhất cùng với đồng đội mới của mình bảo vệ Last Order cùng với bình yên của Thành Phố Học Viện.