Biệt Đội Tinh Nhuệ - Elite Squad 2: The Enemy Within, bắt đầu từ sau một cuộc bạo động ở nhà tù, sĩ quan cao cấp Nascimento vốn ở Rio De Janeiro vô tình bị cuốn vào cuộc tranh chấp chính trị. Vụ việc có liên quan đến các cơ quan chính phủ và nhiều nhóm bán vũ khí quân sự tuyệt mật.