Sakugan - Sakugan Labyrinth Marker lấy bối cảnh trong một tương lai xa, khi giờ đây cuộc sống của loài người ngày càng khổ cực, vì bị tàn phá nặng nề, nên loài người phải sinh sống bên dưới lòng đất được gọi là Labyrinth, bọn họ cùng nhau nương tựa sống qua ngày. Dưới lòng đất là một mê cung vô cùng khắc nghiệt nhiệt độ cao nên càng khó sinh sống hơn. Cô bé gái Memempuu và cha của cô là Gaganbar, bọn họ đều là những công nhân điều khiển robot đào quặng kiếm sống qua ngày.