Quần Thể Vũ Trụ - Invisible Alien lấy bối cảnh vào năm 2047 trong tương lai, lúc bấy giờ công nghệ trở nên hiện đại, và xây dựng thành công một căn cứ không gian lớn mạnh. Thế nhưng, một hôm, tại căn cứ không gian bỗng phát ra một tín hiệu đầy bí ẩn, và những nhóm nhà khoa học bắt đầu giải mã tín hiệu và cho rằng cho rằng chúng đến từ những nơi khác nhau ngoài vũ trụ. Vì để có thể khám phá cận kẻ, Thuyền Trưởng Nguyên đã dẫn đầu đoàn quân 93 robot thông minh ra ngoài không gian bằn còn tàu vũ Trụ Deep Space và bắt đầu một cuộc phiêu lưu khám phá đầy nguy hiểm. Thế nhưng con tàu Deep Space lại mất tích một cách đầy bí ẩn, và 150 năm sau lại bất ngờ xuất hiện gần Trái Đất. Liệu mọi chuyện như thế nào?