Megaton-kyuu Musashi lấy bối cảnh trong một tương lai không xa khi lúc bấy giờ, Trái Đất đã bị hủy hoại và hơn 90% nhân loại bị xóa sổ, tất cả đều do những sinh vật ngoài hành tinh được gọi là Dracters gây ra, chúng còn tạo thành một nơi ở dành cho sinh vật ngoài hành tinh trên Trái Đất. Giờ đây, những người còn may mắn sống sót là hy vọng duy nhất của nhân loại. Bọn họ cùng nhau tập luyện và trở thành những phi công lái robot chiến đấu khổng lồ để ngăn chặn cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh và giải cứu nhân loại.