Kỳ Môn Bí Đàm - Qi Men Mi Tan xoay quanh câu chuyện về hai trường phái Kỳ Môn và Võ Đô. Cả hai môn phái đều dạy về võ thuật, và luôn dùng những thủ đoạn riêng để dạy học. Thế nhưng, một lần bọn họ vô vô tình vạch trần được âm mưu của vị hoàng đế, ông ta đang cố ngăn chặn tiểu hoàng tử kế thừa ngôi vị của mình. Do đó, chú của hoàng để đã ra lệnh cho đệ tử Tú Minh tìm cơ hội ra tay hạ độc hoàng tử, nhưng Tú Minh lại vô cùng xảo quyệt khi lợi dụng việc này phản bội hoàng đế tìm cách trục lợi cho bản thân.