Kẻ Nhìn Thấu - Homunculus kể về anh chàng Nokoshi Susumu 34 tuổi, từng là một nhân viên trong công ty tài chính hàng đầu thế giới. Nhưng hiện tại, anh phải đối mặt với cuộc sống vô số khó khăn, thất bại sự nghiệp và bây giờ anh là một người vô gia cư, hằng ngày anh đi đây đi đó không hề có mục đích rõ ràng. Một hôm, anh gặp được anh chàng sinh viên trường y Manabu, đã yêu cầu anh thực hiện ca phẩu thuật bất hợp pháp và được chi trả 700 nghìn yên. Cuộc phẩu thuật để giúp cải thiệt các chức năng của não. Thế nhưng, anh tỉnh dậy sau ca phẩu thuật thì con mắt anh xảy ra chuyện chỉ có thể nhìn mọi thứ bằng mắt trái và những hình ảnh đầy méo mó.