Học Viện Anh Hùng: Nhiệm Vụ Giải Cứu Thế Giới - Boku no Hero Academia the Movie 3: World Heroes Mission xoay quanh câu chuyện về biệt đội Endeavour, được thành lập ra để ngăn chặn và chống đối với kẻ thù có âm mưu phá hủy thế giới bằng việc giải phóng một loại vũ khí mạnh mẽ. Khiến cho các năng lực vượt tầm kiểm soát và những vị anh hùng khắp Nhật Bản phải tản ra khắp nơi để tìm kiếm kẻ chủ mưu đằng sau mọi việc. Lúc này ba thành viên trong Endeadvour là Deku, Bakugo và Todoroki đã đi đến Châu Âu, tại đây bất ngờ họ ngăn chặn vụ cướp thất bại và Deku trở thành kẻ giết người hàng loạt. Từ đó bọn họ phải chạy trốn khắp nơi dưới sự truy đuổi của cảnh sát và khủng bố.