Digimon Ghost Game kể về cậu thiếu niên Hiro, sau khi thành công kích hoạt được Digivice, thứ mà người cha đã để lại cho anh và từ đây anh có thể nhìn thấy được Digimon. Do đó, Hiro đã tận dụng khả năng hết công sức để có thể khám phá sâu hơn về Digivice và giúp cậu hiểu được về các bí ẩn của nó. Tuy nhiên, điều này đã khiến cuộc sống của cậu gặp nguy hiểm, khi liên tục xảy ra những hiện tượng vô cùng kỳ lạ xung quanh và dần dần cậu cùng với bạn của mình cuốn vào thế giới Digimon.