Cuộc Chiến Tương Lai - Appleseed: Ex Machina là thành viên của ESWAT, các lực lượng tinh nhuệ phục vụ Olympus, Deunan và Briaereos được triển khai bất cứ nơi nào có sự cố xảy ra. Olympus nhận thấy mình đang bị một cuộc tấn công lén lút - khủng bố người máy, những người cuồng công nghệ nano chết người và những công dân bạo loạn chỉ là một số mối đe dọa mà Deunan phải đối mặt khi cô chiến đấu để cứu Olympus!