Biệt Đội G.I. Joe: Cuộc Chiến Mãng Xà - G.I. Joe: The Rise of Cobra kể về mâu thuẫn xảy ra giữa dòng họ McCullen-chuyên sản xuất vũ khí và nhà vua. Chuyên gia vũ khí McCullen bị bắt giam và bị gắn chiếc mặt nạ đang nóng đỏ vào mặt và nó trở thành một phần của cơ thể ông. Trong một tương lai gần của thế kỉ 21, nhà sản xuất vũ khí tên là James McCullen đã tạo ra một công nghệ từ lĩnh vực Nano. Sau khi nghiên cứu thành công khả năng tiêu diệt tế bào ung thư, ông đã đi đến một phát minh về một loại vũ khí mới có sức tàn phá kinh khủng. Tập đoàn MARS đã bán bốn đầu đạn Namomite này cho phía NATO, vì thế quân đội Mỹ tức US Army được lệnh phái tới là để áp tải chuyến hàng này. Sĩ quan quân đội Duke nhận lệnh chỉ huy đoàn vận chuyển đến trung tâm NATO, khi đội của anh vào trong một khu rừng thì bất ngờ bị một lực lượng lạ tấn công. Khi gần như bị đánh bại, Đội của Duke lại nhận được sự yểm trợ từ Biệt đội Joe. Cuộc chiến quyết liệt để chiếm hữu chiếc vali chứa đựng 4 đầu đạn.