Tokyo Ghoul:RE là phần tiếp theo của Tokyo Ghoul, bối cảnh của truyện vẫn tập trung vào thành phố Tokyo, nơi những hiểm họa vẫn ngày đêm rập rình. Nơi đây, những sinh vật ăn thịt người bí ẩn, ghoul, đang hoành hành khắp thành phố. Sự tồn tại của những con ghoul vẫn mãi là một bí ẩn, gieo rắc kinh hoàng cho dân chúng Tokyo.

Tại CCG, cơ quan duy nhất điều tra và giải quyết các trường hợp liên quan tới lũ ghoul, Haise Sasaki đã được giao cho một nhiệm vụ. Trong khi phải xử lý bốn đứa trẻ ngang bướng "Quinx", liệu chuỗi ngày kinh khủng của Haise đã bắt đầu?