300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến. 

Một cô gái mang tên Cordelia Aina Bernstein đã du hành đến Trái Đất để thương thuyết cho quyền độc lập của thành phố Sao Hỏa Chryse, hiện đang bị chính phủ của Trái Đất kiểm soát. Tháp tùng cô là công ty an ninh tư nhân Chryse (CGS), gồm hai thành viên là Mikazuki Augus và Orga Itsuka. Khi một tổ chức có vũ trang tên Gjallarhorn tấn công CGS và Cordelia, Orga xem đây là một cơ hội để chống lại CGS và tiến hành một cuộc đảo chính. Mikazuki và Orga bị đẩy vào một cuộc xung đột mới. Để chống lại Gjallarhorn, Mikazuki sử dụng Gundam Barbatos, một cỗ máy chiến đấu cổ từ thời Đại chiến, lấy năng lượng từ một lò phản ứng hạt nhân. Barbatos có cùng khung máy với tất cả các cỗ máy chiến đấu khác và có thể lấy các bộ phận, giáp, vũ khí của kẻ thù để tự nâng cấp cho mình.