Trên trời cao chợt xuất hiện những tia sáng kỳ ảo, lung linh hạ xuống bên kia đồi. Từ nguồn sáng xanh lấp lánh như sao phát ra từ viên đá Levistone long lanh kia, cô bé Sheeta đang nhẹ nhàng rơi như cánh hồng trong gió. Viên đá Levistone đã giúp Sheeta thoát hiểm khi rơi ra khỏi tàu bay sau vụ tấn công của một băng cướp, trên đường bị mật vụ chính phủ áp tải về thủ đô. Viên đá pha lê Levistone thuần chất của Sheeta chỉ có những cư dân cổ xưa của Laputa mới tạo ra được và cũng chỉ có họ, dựa vào khả năng tạo năng lượng của những viên đá bay này, mà xây dựng nên toà thành bay trên không trung – thành Laputa.

Chiếc vòng cổ nạm viên đá Levistone là chi bảo gia truyền của dòng họ Laputa, một hoàng tộc huyền bí và cổ xưa. Viên đá là chìa khóa và lưu vật cuối cùng minh chứng sự hiện hữu của Laputa. Là người thừa kế cuối cùng còn lại của vương triều này, Sheeta bị truy đuổi bởi đội quân mật vụ do Mushka cầm đầu và băng cướp Dola, nhằm tước đoạt cổ vật Levistone, tìm kiếm bí mật Laputa. Bảo bọc cho Sheeta trong hành trình này là sự hào hiệp của Pazu, cậu bé mồ côi đồng cảnh ngộ, giúp việc trong một thị trấn mỏ bé nhỏ. Mẹ mất sớm, cha qua đời trong chán chường, ước mơ cháy bỏng của cậu là chứng minh sự tồn tại của Laputa, toà thành huyền thoại mà cha cậu đã thấy một lần trong đời. Pazu tin vào tấm ảnh về Laputa duy nhất mà cha cậu chụp được, tấm ảnh mà thiên hạ chế nhạo là giả tạo, khiến ông ra đi trong cay đắng.

Thị trấn nhỏ yên bình chứng kiến sự náo loạn qua cuộc chạm trán giữa băng cướp Dola và quân đội theo dấu Sheeta và viên đá Levistone, chìa khoá mở ra bí mật Laputa. Những biến cố nối nhau liên tiếp đã đưa Pazu và Sheeta gắp bó với băng cướp Dola, giúp họ tìm ra Laputa cùng lúc quân đội chính phủ phát hiện đường đến Laputa qua bạo lực và cưỡng đoạt. Thiện ác đáo đầu tại Laputa, toà thành xanh cỏ cây lửng lơ trong mây, trong không gian bao la. Laputa là sự bình yên tuyệt đối, thoát ngoài không gian và thời gian, ẩn mình trong mây trắng cuồn cuộn phủ che. Laputa chỉ có lá hoa, chỉ có nước chảy, chỉ có mây trôi. Laputa là sự tĩnh lặng vô ngôn của những người máy rong rêu cỏ mọc trên vai, của đàn thú nhỏ nô đùa, của bao cánh chim ríu rít. Nhưng thiên giới Laputa lại ẩn chứa trong mình sức mạnh huỷ diệt vô cùng. Với những đại pháo, những người máy hủy diệt đang co mình chờ tỉnh giấc, khai hoả, Laputa được xây dựng một phần dựa trên cuồng vọng áp chế nhân loại của một thiểu số ưu việt mà Muska là đại diện còn lại của một nhánh hoàng tộc Laputa khác.

Laputa tự thân là một mâu thuẫn. Mâu thuẫn giữa hoà bình tự tại và tham vọng thống trị. Lịch sử Laputa là bí ẩn vĩnh cữu. Không ai biết tại sao Laputa thành hoang phế, cư dân rời bỏ nơi này về lại trái đất. Chỉ biết rằng trên thung lũng Gondoa từng văng vẳng bài hát Chúng ta cần cội rễ trong đất mẹ. Chúng ta sống vui cùng gió. Gieo hạt mầm cho xanh mùa đông. Cùng muôn chim hát chào xuân đến. Chỉ biết rằng vương triều Laputa giờ còn lại Sheeta và Mushka, đại diện cho 2 thái cực thiện ác. Sheeta thuộc về tư tưởng Laputa không thể tách rời trái đất, cư dân Laputa cũng là một phần bé nhỏ của nhân loại, tồn tại bình lặng với thế nhân. Mushka kế thừa tham vọng bá quyền, muốn áp đặt ách thống trị lên trái đất như tổ tiên họ đã từng làm. Họ lại gặp nhau chính tại Laputa, nơi khởi phát và kết thúc mọi ân oán. Con người có thể tạo nên thành quách, ngăn sông xẻ núi, ngang dọc đất trời. Nhưng mây gió bão bùng vẫn cản được bước chân của họ. Con người vẫn muốn thống trị thế giới cho dù dưới đất sâu hay trên cao thẳm, nhiều điều vẫn còn ngoài tầm tay với của nhân loại. Trời xanh hay đá núi vẫn lưu lại những sử liệu mà dấu ấn con người chỉ thoáng qua, khoa học, công nghệ, kỹ thuật của con người vẫn chỉ là nhược tiểu so với sức mạnh và sự vô cùng của tự nhiên.