Phần tiếp theo của Infinite Stratos SS1. Trong tương lai , một nhà khoa học Nhật Bản đã phát minh ra 1 bộ giáp hỗ trợ gọi là Infinite Stratos (IS). Hiện đại và có khả năng chiến đấu tiên tiến hơn bất cứ loại vũ khí nào, IS là một mối đe dọa sẽ làm mất cân bằng thế giới. Đối mặt với 1 thứ vũ khí quá mạnh, các nước trên thế giới đã ký Hợp đồng Alaska, nói rằng IS sẽ không bao giờ sử dụng trong quân sự và công nghệ IS sẽ được công bố khắp thế giới, để cấm bất cứ nước nào xâm lược nước khác. Sự giới thiệu của IS gây nên 1 ảnh hưởng lớn tới cộng đồng. Vì IS chỉ có thể điều khiển bởi phụ nữ, sự cân bằng nam nữ bị phá vỡ, vai trò của phụ nữ quan trọng hơn đàn ông.
Mười năm sau khi IS đầu tiên được công bố,thế giới đã tiến vào 1 kỷ nguyên hòa bình. Tuy nhiên,hòa bình đó sớm tan vỡ bởi một phát hiện không thể ngờ. Một thiếu niên người Nhật 15 tuổi,tên là Ichika Orimura, được phát hiện rằng có khả năng điều khiển 1 IS. Nhận ra tiềm năng của cậu, bị chính phủ Nhật ép buộc,Ichika phải nhập học Học Viện Infinite Stratos uy tín, một trường học quốc tế nơi các phi công IS từ khắp thế giới vào học. Và cuộc sống là 1 học sinh bận rộn của cậu bị bao quanh bởi các cô gái bắt đầu.