Đó là tương lai, khi một cơ thể hoàn chỉnh được tạo ra bằng công nghệ Cybord hóa - da thịt cấy ghép với máy móc, giúp tăng cường sức mạnh một cách hoàn hảo. Trớ trêu thay, phe thiện - ác đều sở hữu những công nghệ tân tiến đó, khiến cuộc chiến giữa 2 phần thế giới càng trở nên khốc liệt.
Lúc này, tại Nhật Bản, Đội 9 - một lực lượng hoạt động hoàn toàn độc lập và tồn tại một cách không danh chính ngôn thuận do Daisuke Aramaki và Motoko Kusanag dẫn dắt, được thành lập.
Trong phần này, họ bị cuốn vào vụ án mang tên Người đàn ông Cười - rất nhiều ẩn số, khúc mắc sẽ dần được hé lộ...