Khi tất cả mọi người trên thế giới đều sử dụng các ứng dụng (apps) trên điện thoại di động. Và bên trong đó có các sinh vật được gọi là Appli Monsters, hay Appmon đang tồn tại. Các Appmon là các dạng sống AI có khả năng suy nghĩ, hành động và tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, cho phép con người điều khiển và tương tác với chúng thông qua một hệ thống nhất định. Trong thế giới số bao la ấy, Leviathan – “Trùm cuối AI” đã khống chế các Appmon thông qua một chủng loại virus và khả năng hack mọi hệ thống, hắn muốn thống trị thế giới con người bằng cách nắm quyền kiểm soát thế giới ảo.

Nhân vật chính là Haru Shinkai, cậu ấy được hướng dẫn để lấy các Appli Drive và tạo nên Gatchmon – một sinh vật kỹ thuật số với ứng dụng tìm kiếm. Appli Drive chứa những bí mật gì? Nơi mà các Appmon tồn tại, nằm giữa thế giới hiện thực và thế giới ảo trông như thế nào? App Combine cò thể kết hợp 2 Appmon không? Mục đích thực sự của Leviathan là gì?