15 năm trước, có một con tàu du ngoạn tên "Yashiromaru", được đóng bởi tập đoàn Yashiro, bị đắm khi đang thả buồm. Hiện tại, có một con tàu mới, tên là "Saint Aphrodite", cũng được đóng bởi tập đoàn Yashiro. Conan, Ran , Sonoko , ông Mouri cùng nhóm thám tử nhí... là những vị khách mời trên con tàu này. Tưởng chừng như họ có một chuyến du ngoạn trên biển đầy thú vị thì những vụ án mạng đã xảy ra trên con tàu này. Hung thủ là ai ? Mục đích của hắn là gì ? Conan và nhóm thám tử nhí sẽ làm gì để lật mặt được tên hung thủ này ?